Από τον Ιώσηπο μαθαίνουμε, ότι υπήρχε εβραϊκή Κοινότητα στην Κω ήδη από την εποχή του Δευτέρου Ναού. Σύμφωνα με το βιβλίο των Μακκαβαίων ι (15,23) η Κως αποτελεί τόπο κατοικίας Εβραίων από το 142 π.Χ., υπό την κυριαρχία της Ρώμης, οι κάτοικοι του νησιού διετάχθησαν από τον Διοικητή Φάντο να σεβαστούν την εντολή της Συγκλήτου, ώστε να επιτραπεί η ασφαλής διέλευση των Εβραίων προσκυνητών, που κατευθύνονταν προς την Ιερουσαλήμ.

Είναι γνωστό, ότι οι Ιππότες της Ρόδου εκδίωξαν τους Εβραίους για δύο αιώνες, αλλά ύστερα από την ήττα τους από τον Σουλτάνο Σουλεϊμάν τον Μεγαλοπρεπή οι Εβραίοι επέστρεψαν στον τόπο τους το 1522. Το 1685 βρίσκουμε εκεί εγκατεστημένη μία μικρή κοινότητα, η οποία, όσον αφορά στη θρησκευτική της λειτουργία, εξαρτάται από τον Αρχιραββίνο της Ρόδου. Το 1747 ο Ελιέζερ Ταρσία έκτισε, με δικά του έξοδα, μία μικρή αλλά εντυπωσιακή Συναγωγή.

Το 1850 ζούσαν στην Κω 40 οικογένειες, οι οποίες μειώθηκαν στις 25 λίγα χρόνια μετά, το 1872. Το 1901 μόνο 10 οικογένειες συνιστούν την Κοινότητα της Κω. Τα μέλη της ασχολούνται με την εξαγωγή σταφυλιών και σταφίδων, με το εμπόριο μετάλλων και ρούχων και μιλούν ελληνικά, τούρκικα και ισπανοεβραϊκά. Το μέγεθος της κοινότητας αυξήθηκε σημαντικά κατά τη διάρκεια του Ελληνο-Τουρκικού Πολέμου, το 1918-22, καθώς προστέθηκαν σε αυτήν πρόσφυγες από τη Μικρά Ασία και συγκεκριμένα από τη Σμύρνη.

Το 1933 η Κως επλήγη από έναν πολύ ισχυρό σεισμό, γεγονός το οποίο είχε ως συνέπεια την απώλεια πολλών ανθρώπινων ζωών και την καταστροφή σημαντικών μνημείων, μεταξύ των οποίων και η Συναγωγή. Αμέσως μετά την καταστροφή της παλαιάς Συναγωγής κτίσθηκε πολύ κοντά στο λιμάνι μια καινούργια, το κτίριο της οποίας διατηρείται μέχρι σήμερα.