Η Κοινότητα αριθμούσε λίγο πριν από τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο 166 άτομα. Ελάχιστοι μετανάστευσαν στη Νότια Αμερική και τη Νότια Αφρική. Οι περισσότεροι ευημερούσαν στο νησί ασχολούμενοι, δίχως να παρεμποδίζονται από τους Ιταλούς, με το εμπόριο υφασμάτων, τροφίμων, ψιλικών και άλλων αγαθών, καθώς και με την εξαγωγή σταφυλιών και σταφίδας στην Αίγυπτο και στην Ευρώπη.

Η κατάληξη του νησιού από τους Γερμανούς έλαβε χώρα στις 3 Οκτωβρίου του 1943. Το γεγονός αυτό σηματοδότησε και την απαρχή μιας περιόδου τρομοκρατίας και βαρβαρότητας. Στα ήδη υπάρχοντα προβλήματα έρχεται να προστεθεί το καλοκαίρι της επόμενης χρονιά ένα ακόμη συνταρακτικό γεγονός: η δραματική σύλληψη, μεταφορά κι εξόντωση των Εβραίων της Κω στο στρατόπεδο συγκέντρωσης του Άουσβιτς.

Τον Ιούνιο του 1944 ο Γερμανός στρατιωτικός Διοικητής του νησιού Συνταγματάρχης Ρουφ (αυστριακής καταγωγής και κρυφός αντιναζί) θέτει στον Ιταλό διοικητή της Αστυνομίας Υπομοίραρχο Ντάντε Τζουκέλι (αντιφασίστα και κρυφό συνεργάτη των συμμαχικών δικτύων κατασκοπείας, που παντρεύτηκε μάλιστα, Ελληνίδα από την Κω) δύο φορές το ερώτημα, αν υπάρχει κατάλληλος χώρος για μια ενδεχόμενη συγκέντρωση των Εβραίων. Η απάντηση που λαμβάνει, είναι, ότι «ο χώρος θα εξευρεθεί». Με τον τρόπο αυτό ο Ρουφ ουσιαστικά προειδοποιούσε τους ανυποψίαστους Εβραίους του νησιού για τη λαίλαπα που αναμενόταν να ξεσπάσει εντός ολίγου σε βάρος τους. Ο Τζουκέλι, χωρίς να χάσει καιρό, έσπευσε στον πρόεδρο της Ισραηλιτικής Κοινότητας Χαΐμ Μενασέ, για να τον ενημερώσει σχετικά, εν συνεχεία δε για να του επισημάνει πόσο δυσμενής ήταν η θέση των ομόθρησκων του και τέλος για να του υποδείξει πως πρέπει να φύγουν το συντομότερο από το νησί για να σώσουν τις ζωές τους. Ο Τζουκέλι, άλλωστε, ήταν αποφασισμένος να χορηγήσει στους Εβραίους πλαστά έγγραφα, τα οποία να πιστοποιούν την τούρκικη ιθαγένεια. (Ως γνωστόν η Τουρκία δεν είχε μπει στον πόλεμο κατά της Γερμανίας και, καθώς ήταν ουδέτερη χώρα, οι υπήκοοί της προστατεύονταν από τις δυνάμεις κατοχής).

Την Κυριακή 23 Ιουλίου 1944 εστάλη στην Κω από τη Γερμανική Διοίκηση των Ταγμάτων Ασφαλείας και Αστυνομίας Ελλάδος το ακόλουθο τηλεγράφημα: «Ο διοικητής της Αστυνομικής Ασφαλείας Ελλάδος σκοπεύει την απέλαση των Εβραίων από το νησί. Για να διεκπεραιωθεί (η απέλαση) από τη μυστική αστυνομία, η στρατιωτική εξουσία οφείλει να παράσχει υποστήριξη. Όλοι οι Εβραίοι κάθε φύλου και ηλικίας πρέπει να συλληφθούν και να ετοιμαστούν για μεταφορά. Η απέλαση θα γίνει δια θαλάσσης. Ως αποσκευές μπορούν να πάρουν μαζί τους μόνο κουβέρτες και τρόφιμα επειδή δεν επαρκεί ο προς διάθεση χώρος μεταφοράς. Όλη η περιουσία των Εβραίων περιέρχεται στο ιταλικό κράτος. Κατά τη σύλληψη πρέπει ν’ αποφευχθούν λεηλασίες, κακοποιήσεις και τουφεκισμοί. Επίσης πρέπει να γίνει το παν ώστε η διάθεση και η στάση των πολιτών να μην επηρεαστεί δυσμενώς εναντίον μας. Εξαιρούνται οι Εβραίοι με τουρκική υπηκοότητα».

Ακολούθησε σύσκεψη στο Δημαρχείο της Κω, στην οποία παρέστησαν από γερμανικής πλευράς ο στρατιωτικός διοικητής του νησιού Συνταγματάρχης Ρουφ με τον διερμηνέα του Κόλμαν, ο Διοικητής του 10^ου Τάγματος, που είχε έδρα του την πόλη της Κω, Ταγματάρχης Μίλερ και ο Διοικητής της Γερμανικής Στρατιωτικής Αστυνομίας. Από ιταλικής πλευράς παρέστησαν ο Ντελεγκάτο ( πολιτικός Διοικητής της Κω), ο Κάρλο Τζιανάτζι, ο Ποντεστά (διορισμένος Δήμαρχος της πόλης), ο Λουίτζι Πιστόνε, και ο Διοικητής της Αστυνομίας, Υπομοίραρχος Ντάντε Τζουκέλι. Κατά τη σύσκεψη ο Ρουφ δήλωσε  στους παρευρισκόμενους, ότι έφθασε η διαταγή της συγκέντρωσης των Εβραίων, ενώ έδωσε συγχρόνως εντολή στον Ταγματάρχη Μίλερ να κάνει τις απαραίτητες συλλήψεις και να φροντίσει για τη συνάθροιση των Εβραίων στο Διοικητικό Μέγαρο. Έδωσε, επίσης, εντολή στον μεν Τζουκέλι να μην προβάλει εμπόδια στη σύλληψη, στον δε Τζιανάτζι να φροντίσει για τη χορήγηση φαγητού στους κρατούμενους, μέχρις ότου δοθούν νεότερες οδηγίες.

Ο Ταγματάρχης Μίλερ άρχισε την επιχείρηση της σύλληψης των Εβραίων στις 3μ.μ. πραγματοποιώντας μπλόκα μέσα κι έξω από την πόλη, παντού όπου υπήρχαν Εβραίοι. Συνελήφθησαν συνολικά 104 άτομα, τα οποία οδηγήθηκαν στο Διοικητήριο. Εκεί τους έκανα σωματική έρευνα και τους υποχρέωσαν να παραδώσουν τα κοσμήματα τους. Επέτρεψαν μόνο σε Κώες να τους φέρουν λίγο φαγητό και μερικές κουβέρτες.

Τα σπίτια και τα έπιπλα, οι οικοσκευές και τα κοσμήματα, καθώς και τα καταστήματα με τα υφάσματα και τα άλλα εμπορεύματα κλείστηκαν από τους Γερμανούς και μια θυροκολλημένη πάνω σε αυτά διαταγή απαγόρευε με την απειλή θανάτου την είσοδο στους κατοίκους. Όλη η κινητή περιουσία των Εβραίων περιήλθε στα χέρια των Γερμανών και των Ιταλών.

Ο Τζουκέλι εργάστηκε τη νύχτα της Κυριακής και της Δευτέρας, για να ετοιμάσει τις πλαστές ταυτότητες. Ήδη ανάμεσα στους συλληφθέντες Εβραίους υπήρχαν και 6 άτομα, που είχαν τουρκική υπηκοότητα: η Τζουλιέττα, σύζυγος του Μωύς Μενασέ, η Καντιέ, σύζυγος του Αλμπέρτο Φράγκο, μια κυρία με το όνομα Τζιμπούλ και τρεις άλλοι, των οποίων τα ονόματα δεν διασώθηκαν. Ο Τζουκέλι υπενθύμισε στον αρμόδιο Γερμανό αστυνόμο, ότι ανάμεσα στους συλληφθέντες υπήρχαν αρκετοί με τουρκική ιθαγένεια και ότι θα έπρεπε να εξετασθεί η περίπτωση τους μια και η Τουρκία δεν βρισκόταν σε εμπόλεμη κατάσταση με τη Γερμανία.

Αυτός ειδοποίησε σχετικά τον Ταγματάρχη Μίλερ, ο οποίος έδωσε διαταγή να συγκεντρωθούν όλοι οι Εβραίοι στη αίθουσα του δικαστηρίου, που βρισκόταν μέσα στο Διοικητήριο, προκειμένου να πραγματοποιηθεί εξέταση των φακέλων τους. Πράγματι, την Τρίτη 25 Ιουλίου, στις 9 το πρωί, κατέφτασε ο Διοικητής της Γερμανικής Αστυνομίας στη αίθουσα του δικαστηρίου και άρχισε την ανάγνωση του καταλόγου με τα ονόματα των Εβραίων. Στην αρχή διάβασε τα ονόματα των 6, που είχαν πράγματι την τουρκική υπηκοότητα. Μόλις, όμως, διάβασε και ονόματα άλλων, τους οποίους ο Τζουκέλι είχε συμπεριλάβει στον κατάλογο εκείνων που θα εφοδίαζε με πλαστά διαβατήρια, μερικές κοπέλες με κραυγές αλλοφροσύνης διαμαρτυρήθηκαν: «Ή όλοι ή κανένας!». Τότε ο Γερμανός βγήκε θυμωμένος από την αίθουσα λέγοντας: «Φτάνει! Τα 6 άτομα είναι ελεύθερα και μπορούν να φύγουν. Οι υπόλοιποι θα μείνουν εδώ». Ο Γερμανός ταγματάρχης είχε ήδη κρίνει την τύχη των Εβραίων της Κω. Θα άφηνε ελεύθερους τους 6 και τους υπόλοιπους 98 θα τους εκτόπιζε στο Άουσβιτς.

Έτσι το απόγευμα της Τρίτης 25 Ιουλίου οι Εβραίοι μεταφέρθηκαν με συνοδεία στρατιωτικής φρουράς από το δικαστήριο στο λιμάνι. Οι Κώες παρακολουθούσαν από μακριά έντρομοι τη βίαιη αποπομπή των συμπολιτών τους, χωρίς να μπορούν να βοηθήσουν. Οι Εβραίοι «στοιβάχτηκαν» σ’ ένα φορτηγό πλοίο που κατευθύνθηκε προς τη Σάμο, όπου υπήρχαν κι άλλα πλοία με Εβραίους της Ρόδου. Στη συνέχεια προωθήθηκαν όλοι μαζί στον Πειραιά και από εκεί συνέχισαν σιδηροδρομικώς το ταξίδι τους προς τους θαλάμους αερίων του Άουσβιτς. Ας σημειωθεί, ότι η αποστολή των Εβραίων της Ρόδου και της Κω ήταν από τις τελευταίες που έφταναν στον τόπο του μαρτυρίου. Ένα μήνα αργότερα έφευγε από την Κω ο Γερμανός στρατιωτικός Διοικητής Ρουφ. Τον αναπλήρωσε ο Ταγματάρχης Χάινεμαϊαρ, ο οποίος παρέδωσε το νησί στον Ιερό Λόχο και στους Άγγλους Συμμάχους την 8^η Μαΐου του 1945.